这次国际防疫大会的宗旨非常明确：“纯为学术之研究，与政治无关”——为达此目的，确定大会研究的学术议题便是非常重要的一项工作。
    在4月3日的开幕式上，清廷特派专员施肇基在演讲中即提出一些题目并交大会加以讨论——
　　 1.这个疫病之起源与传播状态及其处理之方法。
　　 2.它与满洲的风土病有关否？如果有关，该怎样消弭这种风土病？
　　 3.肺炎疫之细菌是否比鼠疫之细菌更有毒害生命之能力？
　　 4.依照我们所有的医学的证据，这个肺炎疫仅能播到生人，不会染及鼠类，这是对的吗？
　　 5.肺炎疫和鼠疫，在怎样的情况下才会造成区别？
　　 6.此种疫病能否在空气中传染，或必须经过偶然的接触？
　　 7.此种疫菌能否在生人的身体外，继续生存数个月？如果可能的，则下一年冬季又会发生同样的疫病，因此这是一个最重要的问题。
　　 8.我们应用什么方法，阻止这个疫疾的重现？
　　 9.在有疫的环境下，各种贸易，如大豆和毛皮之出口等，究能进行到怎样程度？
　　 10.你们主张全乡全镇的人民都打预防针吗？
　　 11.焚毁有疫的房子是否必需的，或仅将房子消毒已足？
　　 ……
　　 在大会筹备期，会议研究的议题已经在中国专家中经讨论设定——1911年3月14日，伍连德带领正在哈尔滨防疫的医官姚启元、侯毓汶、方擎、全绍卿及学生等十一人先行来到奉天，专门着重研究会议议题等事宜。此时，伍博士一行在哈尔滨进行防疫已有三个月，对疫病的发生发展和控制做了大量的调查研究，对病人做了大量的实验，掌握了第一手科学数据。经过反复研究后，伍连德责成方、全二位医生拟定了供大会研究讨论的43个题目，主要有：
　　 这场肺疫的来源；
　　 肺疫的蔓延、种类、症状及经过；
　　 肺疫患者死亡人数之统计；
　　 肺疫患者男女之比较、年龄之比较、职业之比较、与普通肺病患者之比较；
　　 肺疫患者死亡场所之分别：如在医院死亡若干(中医院、西医院)，屋内死亡若干、路倒若干；
　　 感染人数的总计，其中包括疑似病人人数、隔离人数、留验人数、棲流所收容人数；
　　 治疗方法及效果；
　　 预防注射的种类、和接受注射的人数、效果及防疫医生的姓名；
　　 房屋消毒方法及间数；
　　 断绝交通的实施方法；
　　 尸体的处置及数量；
　　 流行区域疫病发生的标示地图；
　　 流行区域面积及户口人数；
　　 流行区域的气候及每天的气温；
　　 设置防疫医院隔离所留验所等数量、设施、构造；
　　 各西医病院疑似病院及中医院等所有医务人员和病死患者的详细统计；
　　 防疫人员的消毒和预防；
　　 解剖鼠类情况分析；
　　 因鼠疫死亡家畜的调查；
　　 细菌学和病理解剖的研究成果；
　　 各种标本的制作、防疫的各种照片说明；
　　 防疫所用的各种款项；
　　 关于防疫的著作报纸杂志及告示等；
　　 因防疫调动军队的数量、士兵染疫死亡情况；
　　 因防疫特制的用品及其效果等等
　　 ……
　　 在后来的三周时间里，国际防疫大会围绕这些科研议题进行了深入细致的讨论，取得了很好效果，得到了各国代表的一致好评。